O Museu de São Roque foi um dos primeiros museus de arte a serem criados em Portugal.
Abriu ao público a 11 de janeiro de 1905, com a designação de Museu do Tesouro da Capela de São João Baptista, no edifício da antiga Casa Professa da Companhia de Jesus.
Ao longo do século XX foi objeto de várias remodelações, sendo a mais profunda levada a cabo entre 2006 e 2008, permitindo ao museu duplicar a sua área de exposição permanente.